기독교에서는 성경을 하나님의 절대무오한 말씀으로 보는 시각이 있으나, 성경 본문에는 역사적 불일치, 과학적 오류, 그리고 도덕적으로 논란의 여지가 있는 내용들이 다수 포함되어 있다.
예를 들어, 예수의 부활 이후 막달라 마리아가 무덤을 찾은 시점에 대해 마가복음은 “해가 돋은 후”로, 요한복음은 “아직 어두울 때”로 기록하여 서로 다른 서술을 하고 있다. 또한 열왕기상과 역대기에서는 동일한 성전 기둥의 높이를 각각 18규빗과 35규빗으로 기록하여 불일치가 나타난다. 일부 구절에서는 하나님을 아무도 본 적이 없다고 하는 반면, 다른 구절에서는 하나님을 본 사람이 있다고 서술되기도 한다.
과학적 사실과 비교할 때 성경의 기록은 현대 과학과 상충하는 경우가 있다. 창세기에 따르면 우주와 지구는 6일 만에 창조되었으나, 과학계의 현재 통설은 우주의 나이를 약 138억 년, 지구의 나이를 약 45억 년으로 본다. 또한 여호수아기 10장에서 하나님의 명령으로 태양이 멈췄다는 서술은 천문학적으로 실현 가능하지 않으며, 이에 대한 역사적 기록 또한 발견되지 않았다.
인류의 기원을 다룬 부분 역시 과학적 증거와 차이가 있다. 성경은 인류가 아담과 하와로부터 유래되었다고 서술하나, 화석 기록과 DNA 분석은 인류가 오랜 기간에 걸쳐 진화해 왔음을 시사한다. 이 외에도 박쥐를 새로 분류하거나, 토끼가 되새김질을 한다고 기록된 부분, 곤충의 다리를 네 개로 언급하는 부분 등은 생물학적 지식과 일치하지 않는다.
도덕적 측면에서도 성경에는 현대의 윤리 기준과 다르게 해석될 수 있는 사례들이 포함되어 있다. 구약성경에서는 가나안 지역 주민 전체를 진멸하라는 명령이 있으며(신명기 20:16 등), 노예제를 당연시하거나 일정 조건하에서 노예의 사망에 대해 주인의 책임을 면제하는 규정(출애굽기 21:20-21)도 존재한다.
또한 신명기 22장 28-29절에는 강간 가해자가 피해 여성과 결혼하고 아버지에게 보상금을 지불하면 처벌을 면할 수 있다는 내용이 있다. 신명기 21장 10-14절에서는 전쟁 중 포로로 잡힌 여성을 일정 기간 후 아내로 삼을 수 있다는 규정도 있다.
성경 내부의 일부 인물에 대한 도덕적 평가 또한 논란의 여지가 있다. 예를 들어, 롯은 딸들을 군중에게 내어주려 했으며, 이후 딸들과 근친 관계를 맺었다고 기록되어 있지만 신약성경에서는 그를 ‘의인’으로 표현하고 있다(베드로후서 2:7).
이와 같은 사례들은 성경이 시대적 배경과 인간 저자의 한계를 반영하는 문서라는 견해로 이어질 수 있다. 일부 신학자들은 성경 내 수백 가지 모순과 오류를 들어, 이를 절대적이고 완전한 신의 계시로 보기 어렵다고 평가하기도 한다.
결론적으로, 성경은 종교적 신념의 대상인 동시에, 그 해석과 관련해서는 역사적, 과학적, 윤리적 검토가 요구되는 텍스트로 간주될 수 있다.